Dużą popularnością, zwłaszcza wśród numizmatyków, cieszą się egzemplarze z błędami menniczymi. Niektóre z nich pojawiają się w obrocie przez nieuwagę, jak na medalu z 2005 r. wydanym w srebrze przez mennicę Stanów Zjednoczonych. Na jego awersie widnieje postać Jana Pawła II, natomiast na rewersie znajduje się napis "Joseph Ratzinger". Inny przykład błędu stanowi medal portugalski, na którym umieszczono błędny napis "TOPUS TUUS".
W naszych zbiorach odnaleźć można monetę w Ag, gdzie z dwóch stron wybito bazylikę Św. Piotra, a na innej na awersie i rewersie umieszczono profil Jana Pawła II. W naszych zbiorach muzealnych znajdziecie Państwo również tzw. destrukt, w tym wypadku podwójny odcisk, jak również monety jeszcze nieobrobione, czyli z tzw. nadlewkami. Udało nam się także wejść w posiadanie kompletu czterech medali niemieckich w folii z nienaruszoną plombą banku emitenta.
W muzeum można obejrzeć również bardzo rzadką, praktycznie niespotykaną na rynku numizmatycznym złotą monetę z Haiti o nominale 500 gourdes z 1983 roku. Monety zostały wybite w nakładzie 1000 sztuk. Trzy lata później w wyniku przewrotu wojskowego i związanego z nim chaosu monety zaginęły. Najprawdopodobniej większość monet została przetopiona a reszta rozgrabiona. Moneta jest tak rzadko spotykana, że nawet w katalogu Fishera nie zgadzają się dane dotyczące wagi czy też wielkości nakładu. Nam udało się zdobyć tę niezwykle rzadką monetę, tym samym macie ją Państwo okazję obejrzeć w naszym muzeum.
Aby umożliwić Państwu dokładne zapoznanie się z eksponatami, w Muzeum wystawione są po dwie sztuki każdej monety lub medalu, co pozwala na jednoczesne zaprezentowanie, zarówno awersu, jak i rewersu. Tak jest w 90% numizmatów. Pozycje, które wybite są w pojedynczym egzemplarzu, mają rewers zaprezentowany na zdjęciu. Twórcy Muzeum zadbali również o to, aby wyeksponować ten element, który bardzo często umyka każdemu oglądającemu monetę, a więc tzw. „rant”. Wśród naszych eksponatów spotykać można monety i medale z gładką powłoką rantu, karbowaną, karbowaną przerywaną, jak również pokrytą napisem, tak jak ma to miejsce w przypadku medalu wybitego specjalnie dla Muzeum z okazji jego otwarcia.
Oprócz monet i medali w muzeum możemy oglądać odznaczenia i ordery, których Ojciec Święty był kawalerem. Między innymi Order Orła Białego - najwyższe polskie odznaczenie państwowe przyznane Papieżowi w 1993 roku, jako pierwszemu Polakowi III RP, przez ówczesnego prezydenta Lecha Wałęsę. Wręczony natomiast dopiero 22 maja 1995 roku w Skoczowie, gdzie na wzgórzu Kaplicówka Jan Paweł II celebrował mszę dziękczynną za kanonizację księdza Jana Sarkandra dokonaną dzień wcześniej w Ołomuńcu na Morawach .
Kolejnym ciekawym, a dla wielu niezwykle ważnym odznaczeniem znajdującym się w naszych zbiorach jest Order Uśmiechu. Przyznany Janowi Pawłowi II decyzją Miedzynarodowej Kapituły Orderu Uśmiechu w 1981 roku na wniosek niewidomych dzieci z Krakowa i Lasek. Wręczenie tego nietypowego, ale jakże zaszczytnego odznaczenia miało miejsce dopiero 28 marca 1984 roku w Watykanie. Order, który można oglądać w naszym muzeum został nam wypożyczony przez biskupa Antoniego Długosza - od wielu już lat nazywanego "Biskupem od Dzieci", który jest 844. w historii kawalerem Orderu Uśmiechu.